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Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  28 lines
  1. ******************************************************************
  2. * Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature *
  3. ******************************************************************
  4.  
  5. Cytochrome c oxidase (EC 1.9.3.1) [1] is an oligomeric enzymatic complex which
  6. is a component  of  the  respiratory  chain  complex  and is involved   in the
  7. transfer of electrons from cytochrome c to oxygen.   In eukaryotes this enzyme
  8. complex is located in the mitochondrial inner membrane; in aerobic prokaryotes
  9. it is found in the plasma membrane.  In  addition  to the three large subunits
  10. that form the catalytic center of the enzyme complex there are, in eukaryotes,
  11. a variable number of small polypeptidic subunits.  One of these subunits which
  12. is known as Vb in mammals, V in slime mold and IV in yeast, binds a zinc atom.
  13. The sequence of subunit  Vb  is  well  conserved  and includes three conserved
  14. cysteines  that  are  thought  to coordinate the zinc ion [2].  Two  of  these
  15. cysteines are clustered in the C-terminal section of the subunit; we have used
  16. this region as a signature pattern.
  17.  
  18. -Consensus pattern: [LIVM](2)-[FYW]-x(10)-C-x(2)-C-G-x(2)-[FY]-K-L
  19.                     [The two C's probably bind zinc]
  20. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  21. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  22. -Last update: October 1993 / First entry.
  23.  
  24. [ 1] Capaldi R.A., Malatesta F., Darley-Usmar V.M.
  25.      Biochim. Biophys. Acta 726:135-148(1983).
  26. [ 2] Rizzuto R., Sandona D., Brini M., Capaldi R.A., Bisson R.
  27.      Biochim. Biophys. Acta 1129:100-104(1991).
  28.